轉座子測序介紹

    轉座子(transposon,Tn)是存在于染色體DNA上可自主復制和位移的基本單位，在細菌的染色體、質(zhì)?；蚴删w之間可以自行移動(dòng)，通過(guò)切割、整合等過(guò)程從基因組的一個(gè)位置“跳躍”至另一位置。當轉座子插入某段基因時(shí)，該基因的功能將被破壞，基于這樣的特點(diǎn)，轉座子經(jīng)常被用于插入突變的實(shí)驗中。轉座子測序(transposon sequencing，Tn-seq)技術(shù)結合了轉座子插入誘變和二代測序技術(shù)，常被用于細菌基因功能的研究。

    轉座子測序需要構建一個(gè)轉座子插入文庫，其中大多數或所有非必需基因（non-essential genes）都包含插入物，然后在特定的體外或體內（宿主感染）條件下培養。通過(guò)測序確定實(shí)驗的開(kāi)始和結束時(shí)種群中每個(gè)突變體的相對頻率。從這些數據可以量化每個(gè)基因在每種情況下的適應性貢獻，分析出哪些基因是必需基因（essential genes）及推測基因與特定表型的相關(guān)性。例如，通過(guò)比較突變豐度來(lái)鑒定抗生素抗性基因。

Tn-seq測序原理和技術(shù)路線(xiàn)

自2009年首次報道Tn-seq技術(shù)以來(lái)，已開(kāi)發(fā)了多種用于細菌的轉座子插入測序 (transposon insertion sequencing，TIS) 方法，包括插入測序(insertion sequencing，INSeq)、高通量插入軌跡深度測序(high throughputs insertion tracking by deepsequencing，HITS)、轉座子定向插入位點(diǎn)測序等。

杭州沃森生物技術(shù)有限公司自主研發(fā)的Tn-seq建庫流程可兼容多種突變體庫構建方法，只需明確轉座子序列信息即可構建二代測序文庫進(jìn)行后續測序分析。

技術(shù)流程圖如下：

Tn-seq技術(shù)服務(wù)流程

數據分析流程

可視化結果

合作單位

參考文獻

1. Jiawen Xiao, et al. Analysis of key genes for the survival of Pantoea agglomerans under nutritional stress. International Journal of Biological Macromolecules 253 (2023) 1270590.

2. Fan Yin, et al. Genome-wide identification of genes critical for in vivo fitness of multi-drug resistant porcine extraintestinal pathogenic Escherichia coli by transposon-directed insertion site sequencing using a mouse infection model. Virulence. 2023, VOL.14, NO.1, 2158708.

應用案例：

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